福建师范大学音乐学院的历史可以追溯到1938年的华南女子文理学院。1952年福建师范学院正式创建音乐专修科。1958年福建师范学院系所调整后，一度并入艺术系。1985年1月音乐系成立，1993年12月，经福建省教委批准以美术、音乐两系为基础成立艺术学院。2003年12月在音乐系的基础上组建音乐学院。
    经过长期建设，该院已发展成为国内实力较强的高师音乐学院。全院现有教职员工103人，其中教授13人、副教授24人。音乐学重点学科带头人、福建省政协副主席、国家级有突出贡献的中青年专家、著名民族音乐学家、博士生导师王耀华教授为国务院学位委员会艺术学科组召集人、国家级教学名师。音乐学院拥有全国高师院校最早的音乐学博士点,“国家体育与艺术师资培养基地”,音乐学学科为福建省重点学科。
    音乐学院现已形成涵盖音乐学博士点、一个一级学科硕士学位授权点、三个二级学科硕士点、一个艺术硕士（MFA）专业学位点，音乐学本科（国家基地班）、音乐学本科（师范类）、音乐表演本科，舞蹈学本科（师范类和非师类）等多层次办学体系。中国传统音乐理论、音乐史学、闽台音乐研究、音乐教育学研究是音乐学院的特色，其部分成果居于国内领先地位，在国际上也有一定声誉。
    近10年来，音乐学院教学科研成果显著。《福建传统音乐》获得中国高校人文社会科学优秀成果一等奖。《高师音乐教学综合改革》和《“民族音乐学及其教育”硕士研究生主干专业课程教材建设》先后获得国家级优秀教学成果二等奖。教师出版专著教材100多部，论文1000多篇。音乐学博士生李玫博士学位论文被评为2002年“全国百篇优秀博士论文”。音乐学本科毕业生孙砾在2002年中央电视台举办的第十届“全国青年歌手电视大奖赛”中获业余组美声唱法金奖。我院选送的音乐舞蹈节目在1999年全国大学生艺术节中获11个奖项。在2005年“全国首届大学生艺术展演”中，音乐学院获得专业组二项一等奖。
    音乐学院多次举办国际学术会议，经常与日本、美国、英国、菲律宾、等国家的音乐界同行进行学术交流。同时我院与日本冲绳艺术大学等校建立姊妹学校关系，与加拿大多伦多音乐学院签定合作办学意向书。目前，音乐学院全体教职员工正全力以赴，为把音乐学院建设成为具有一定国际影响的新型音乐学院而奋斗。